O Santos FC foi fundado no dia 14 de abril de 1912, por iniciativa de três esportistas da Cidade (Francisco Raymundo Marques-foto-, Mário Ferraz de Campos e Argemiro de Souza Júnior) que convocaram uma assembleia na sede do Clube Concórdia (localizado na Rua do Rosário nº18, na parte superior da antiga padaria e confeitaria Suissa – Atual Avenida João Pessoa), para a criação de um time de futebol. Durante a reunião, surgiu a dúvida quanto ao nome que seria dado a essa agremiação. Várias sugestões apareceram: Concórdia, África, Brasil Atlético, entre outros. Mas os participantes da reunião aclamaram, por unanimidade, a proposta de Edmundo Jorge de Araújo: a denominação Santos Foot-Ball Club.

Já no início de 1913, o Santos recebeu um convite da Liga Paulista de Futebol para disputar o campeonato estadual daquele ano. Esta foi a primeira competição oficial disputada pelo Clube. A estreia aconteceu no dia 1º de junho, diante do Germânia. O resultado, porém, não foi nada animador: derrota por 8 a 1. O Santos jogou com Durval Damasceno, Sebastião Arantes e Sydnei Simonsen; Geraule Ribeiro, Ambrósio Silva e José Pereira da Silva; Adolfo Millon, Nilo Arruda, Anacleto Ferramenta, Harold Cross e Arnaldo Silveira.

O clube é conhecido no mundo inteiro por ter revelado o “Atleta do Século” (nomeado em 1999 pelo COI), Pelé que começou sua carreira no Santos em 1956 com apenas 16 anos de idade. Na década de 1960 foi a principal estrela da maior equipe santista de todos os tempos, que obteve várias glórias ao redor do globo, entre elas os dois mundiais que o clube venceu em 1962 e 1963.

O Santos FC, em sua fase áurea, conquistou 9 títulos consecutivos entre 1961 e 1963. De 1960 a 196985985, período de 10 anos, conquistou nada menos que 22 títulos oficiais, um recorde entre times brasileiros.

O primeiro jogo-treino foi realizado no dia 23 de junho de 1912, contra um combinado chamado Thereza Team. O Alvinegro, até então tricolor, venceu por 2 a 1, com gols marcados por Anacleto Ferramenta da Silva e Geraule Moreira Ribeiro. O primeiro jogo oficial ocorreu apenas em 15 de setembro daquele ano. O Santos venceu na estreia o Santos Athletic Club por 3 a 2. O primeiro gol oficial da história do clube foi marcado por Arnaldo Silveira.

Em 1913 o Santos disputou o Campeonato Santista e se sagrou campeão invicto, confirmando ser a equipe de futebol mais forte da cidade. Com isso credenciou-se a disputar o Campeonato Paulista de Futebol no mesmo ano, mas as dificuldades com as viagens constantes e os resultados ruins nos jogos forçaram a equipe a abandonar a competição. A única vitória foi justamente contra o time que no futuro se tornaria o principal rival e que também estreava no campeonato naquele ano: o Corinthians (6-3 em jogo na capital).

O prenúncio da grande fase do Santos FC começou em 1955, quando voltou a ser Campeão Paulista, com um time em que se destacavam, entre outros, Zito, Ramiro, Formiga e Vasconcelos.

Em 1956, chegaria à Vila Belmiro, trazido pelas mãos de Waldemar de Brito, o menino Pelé, de 15 anos, que deu de novo impulso à história do Santos, levando-o a conquistas que enalteceram o futebol brasileiro no planeta. O time do Santos vinha de grandes campanhas, sendo bicampeão paulista em 1955-1956, apresentando os craques Pepe e Zito, dentro outros. Com Pelé, o time se tornaria um dos maiores da História.

Pelé marcou seu primeiro gol com a camisa do Santos num amistoso com o Corinthians de Santo ANdré, jogo em que o time da Vila Belmiro venceu por 7 a 1. Em 1958 ganhou seu primeiro Campeonato Paulista, estabelecendo como artilheiro o recorde de 58 gols que permanece até hoje. Neste Campeonato Paulista, o Santos marcou 143 gols.

O Santos com Pelé continuou nos anos seguintes a ganhar todas as principais competições que disputava. Em 195985985, a conquista do primeiro Torneio Rio-São Paulo e o vice-campeonato da Taça do Brasil. Em 1960, mais um paulista. De 1961 até 1965 a hegemonia do futebol brasileiro com cinco Taças Brasil. Em 1962 e 1963, o bicampeonato sul-americano da Copa Libertadores da América e o bicampeonato da Copa Internacional. Só não ganhou todos os Campeonatos Paulistas de 1958 até 1969 pois o Palmeiras, time conhecido na época por “Academia”, conseguia interromper a sequência de tempos em tempos. Em 1967 o Santos ganharia novamente o Campeonato Paulista e daria início ao seu segundo tri-campeonato da competição e mais recentemente restabeleceu a marca de Tri campeão paulista ao ganhar os títulos de 2010, 2011 e 2012.

Em 20 de Janeiro de 1998 o Santos tornou-se a primeira equipe na história do futebol a alcançar a marca de 10 mil gols (gol do meio-campista Jorginho). Em 26 de agosto de 2005, atingiu a marca de 11 mil (gol do atacante Geilson). É o clube que mais marcou gols na história do futebol mundial.